顾名思义，单层温棚即是一个温棚内只有一层养殖池，而多层温棚即是一个温棚内建有两层或三层的养殖池，目前大多数地区的甲鱼温棚养殖均采用单层温棚的结构，少数地区如浙江嘉兴、江苏八都、梅堰、昆山仍有部分养殖户采用多层温棚养殖甲鱼。
单层和多层温棚结构有其各自的优缺点。
单层温棚结构
优点是：温棚建造简易，日常养殖管理方便，不论是投饵、用药或是换水都比较好操作，而且环境比较稳定，各口池温差不会太大；
缺点是：占用较多的建设用地面积。
多层温棚结构
优点是：节约建设用地面积，空间利用率高，同样用地面积的条件下，可以养殖更多数量的甲鱼；
缺点是：建造复杂，建造成本高，管理不方便，最大的问题是各层养殖池温差比较大，上下层之间的温差往往会超过3度，这就导致有些池子水温偏高，甲鱼容易出现腐皮或烂头烂脚等疾病，有些池子水温又偏低，甲鱼吃料不正常或出现白斑等疾病，因而管理难度大，不同层的养殖结果也差距较大。
据养殖户介绍，在实际养殖过程中，采用多层温棚养殖甲鱼更容易有病害或吃料不正常的情况发生，甲鱼成活率也比单层温棚低，假设投苗品种、投苗量、饲料用量都相同，多层温棚的饵料系数至少比单层温棚的饵料系数高0.1以上，
因此，大部分养殖户认为，还是单层温棚养殖效益高，目前新建的温棚也基本改为单层养殖池的结构。当然，也有养殖户提出了不同的观点，个别养殖户认为，在甲鱼行情好的前提下还是多层温棚养殖更合算，因为同样的用地面积可以投放更多数量的甲鱼，虽然最终饵料系数较高，但能收获更多的产量，赚的钱可能会更多。出处：田工浙江金甲专做龟鳖饲料
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