在温室甲鱼的养殖过程中，我们通常用溶解氧、PH值、氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、透明度和微生物等因子来表明水质的指标和性状，这些指标和性状的变化直接影响甲鱼的生长、产量、品质和经济效益。
1、溶解氧的调节 甲鱼苗入池时氧气的控制是很有讲究的。最好一台增氧机安装一个时控开关，根据具体情况进行设置。一般放养密度在30个左右/平方米，采用1.1kw的增氧机通常第1-2月增氧1-12个小时，第3-4月增氧12-24个小时，第4月以后一般开始全天增氧。
2、PH值的控制 甲鱼适宜的PH值为7.5-8.5。PH值过高会增加氨氮的毒性。PH下降是水质变坏，溶解氧降低的表现，同时，可使有毒的硫化氢含量增加。氨氮、硫化氢含量的增加都可以抑制甲鱼的生长。PH偏高的原因有四，其一：外水源本身PH值偏高；其二：水质恶化；其三：泼洒过量致碱产品，如：生石灰等。处理办法：换水一半或三分之二；泼洒增氧制剂。PH偏低其主要原因是外水源本身就偏低或者是水质恶化也或者是泼洒了过量致酸产品。处理办法：换水三分之一或一半；泼洒生石灰，内服甲鱼整肠素6克/公斤饲料。
3、氨氮、亚硝酸盐和硫化氢的降低水中的氨氮、亚硝酸盐和硫化氢的含量过高时，会穿透细胞损伤甲鱼的咽喉和肝胰脏，减少甲鱼获氧能力，影响甲鱼摄食，严重时会引起甲鱼发病，甚至大面积死亡。因此，在养殖过程中，要尽量降低氨氮、亚硝酸盐和硫化氢含量。甲鱼池中需要有一定的氨氮含量，但不能过量，否则影响摄食，严重的会造成甲鱼中毒死亡。控制氨氮的方法：泼洒降销解毒宝1-3ppm，黑旋风5-10ppm，每隔7-15天用一次，并内服甲鱼整肠素3-5克/公斤饲料，可长期内服。亚硝酸盐偏高的处理方法：PH值正常，一般泼洒甲鱼强壮素10ppm，黑旋风10ppm，三天后泼洒降销解毒宝10ppm，可防止反弹；PH值偏低，换水250px左右，增氧适当减少，泼洒甲鱼强壮素10ppm，甲鱼整肠素10ppm，半小时后泼洒增减活水宝15ppm，第二天重复使用一次。PH值偏高，最好将池水全部排掉后再进行处理。控制硫化氢的方法：一是施用平炉渣吸附水中的硫化氢；二是泼洒高锰酸钾分解水中的硫化氢；三是投放微生物制剂来降解水体的硫化氢。
4、透明度的要求 水体透明度的控制也是很有讲究的。一般甲鱼苗入池后，水体透明度小于500px为佳，但养殖水体不能发白、变臭，这样可以减少白斑、白点的发病率。目前采用的中药调水，五倍子30ppm加大黄15ppm煎过一个小时后合汁一起泼洒入池，效果比较理想。养殖三个月后，甲鱼的摄食量增大，排泄物增多，这时需要及时换水、加水、施沸石粉或生石灰，以保持池水透明度大于500px。
5、微生物的作用 在水体中使用有益微生物菌群，可以加速水体的氨氮转化为硝酸盐，硝酸盐则被浮游生物有效利用，改善水质及底质环境；同时由于高剂量投入，有益菌群在水体中短时间内形成优势种群，抑制了其它病原微生物的繁殖，可以将继发性感染源控制在较低水平，从而间接控制了传染性疾病的发生和发展。微生态制剂不能与消毒剂和抗生素同时使用，一般用药3天后等药性基本消失再使用。使用过程中加红糖1斤，曝气24小时后倾倒入池的一个角落即可。
